Ändern: Ein Dialog zum Bearbeiten des Eintrags erscheint. Name, Kommentar und (bei Lesezeichen) URL könnnen geändert werden. Der neue Name darf im gleichen Ordner noch nicht existieren.

Ausschneiden: Alle markierten Einträge werden aus dem Baum entfernt und in eine jBoom-interne Zwischenablage (nicht die System-Zwischenablage) kopiert. Sie können anschließend an einer beliebigen Stelle wieder eingefügt werden. Statt Strg+x lässt sich auch die "Entf"-Taste verwenden. Die markierten Einträge dürfen über verschiedene Ordner verteilt sein, die Struktur wird nach Möglichkeit beibehalten. Achtung: Ist ein Ordner markiert, wird er komplett ausgeschnitten, mit allen Lesezeichen und Unterordnern!

Wenn die Wurzel markiert ist, bewirkt "Ausschneiden" ein komplettes Zurücksetzen des Baums auf den Anfangszustand. Diese Operation muss zusätzlich bestätigt werden. Der Baum ist danach wieder leer, bis auf den üblichen Standardeintrag.

Kopieren: Die markierten Einträge werden in die jBoom-Zwischenablage kopiert, verbleiben aber im Baum. Sie können in verschiedenen Ordnern liegen. Ist ein Ordner markiert, werden hier (im Gegensatz zum Ausschneiden) nicht automatisch alle darin enthaltenen Einträge mitkopiert, sondern nur die markierten.

Einfügen: Der Inhalt der jBoom-Zwischenablage wird hinter das markierte Lesezeichen oder oben in den markierten Ordner eingefügt. Statt Strg-v kann auch die "Einfg"-Taste betätigt werden. Die Zwischenablage bleibt erhalten. Mittels "Ausschneiden" und "Einfügen" lassen sich Einträge verschieben, mit "Kopieren" und "Einfügen" duplizieren.

Neues Lesezeichen / Neuer Ordner: Gleiche Funktion wie in der Werkzeugleiste.

Ordner zur Wurzel machen: Vertauscht den markierten Ordner und die Wurzel. Der markierte Ordner wird zur neuen Wurzel, die alte Wurzel darin zu einem Unterordner.